孔子的父亲叫叔梁纥，他叫孔丘，父子二人的名号显然有着结构性的差异。孔子的名号中，有名有姓，名丘姓孔。叔梁纥的名号中，却有名无姓；纥是名，故叔梁纥又称陬人纥；叔梁不是姓，而是字。那么，孔子为什么姓孔?
从文献记载可知，孔子的列祖列宗中，没有以孔为姓的，孔姓是从孔子开始的。孔子的祖先不姓孔，姓什么?姓子。孔子自称是殷人，其祖先属于殷遗民。在先秦，商、周两代，商是子姓，周是姬姓。但在当时，女子称姓，男子不称姓。所以，孔子的祖先姓子，但他们的名号中都不冠以子姓。
孔子祖先姓子，孔子本人自然也姓子，这确定无疑。孔子怎么又姓孔呢?
原来，准确地说，孔并不是孔子本人的姓，而是他的氏。古人的姓与氏是分开的，男子不称姓，称氏。孔子的孔，最初是氏，后来才变成了姓。孔子的孔，作为氏号，也就是孔氏，又是从哪儿来的呢？
古文献中已有明确答案。《孔子家语·本姓解》指出:孔子先祖本是宋国公室成员，传到孔父嘉时， 五世亲尽，别为公族，故后以孔为氏焉 。《阙里文献考》卷一也说:孔子先祖从弗父何到孔父嘉， 五世亲尽，当别为公族，乃以字为孔氏 。这是说，孔子先祖弗父何让国后，其子孙仍然属于宋国公室成员，传了五世，到了孔父嘉的时候，按照宗法制的规定，五世亲尽，不能再继续列入公室，而是应该别立一族。别立一族，必须有个族的名号，于是就取孔父嘉的字作为族的名号。孔氏的孔，是从孔父嘉那儿来的，孔是孔父嘉的字。
孔氏虽然从孔父嘉开始别立一族，但那时男子的名号，称氏，称名，称字，似乎并无一定之规，所以，孔父嘉以后，孔子的先祖如木金父、祈父、防叔、伯夏、叔梁纥，都不称氏，其名号中都无孔字。孔氏一系，名号中称氏的，是从孔子开始，其后固定下来，如孔子的儿子叫孔鲤，孙子叫孔伋，曾孙叫孔白，玄孙叫孔求，等等。后来，氏变成了姓，孔也就由氏变成了姓。
由于孔子是圣人，也由于孔氏是从孔子开始固定下来，所以战国中后期孔子的直系子孙皆奉孔子为始祖。据《孔丛子·独治》篇记载，孔氏后人为祭祀先祖，立有两座祖庙，一是弗父何之庙，一是孔子之庙。
孔子九世孙孔鲋说：他们 哭孔氏之别姓于弗父之庙，哭孔氏于夫子之庙 。孔鲋所说的 孔氏之别姓 ，是指孔氏别立一族以来的其他分支，这些分支并不以孔为氏，所以称 别姓 ;所有孔氏和孔氏之别姓，都奉弗父何为始祖。孔鲋所说的 孔氏 ，则是指孔子的直系后裔，都以孔为氏，都奉孔子为始祖。
古代姓与氏有分别吗?
今天我们所说的姓氏，拆分开来，或曰姓，或曰氏，以及合而言之曰姓氏，其意义完全一样，如:赵钱孙李，周吴郑王，都是一家一族的名称。然而，在古代却并非如此，姓与氏是有分别的。
南宋郑樵《通志·氏族略序》说: 三代以前，姓氏分而为二，男子称氏，妇人称姓 三代之后，姓氏合而为一。 清初顾炎武《日知录·氏族》进一步指出: 姓氏之称，自太史公始混而为一。
古代学者显然注意到了姓与氏的分别，并且指出，姓与氏的合而为一，是从汉代才开始的。问题在于，汉代以前姓与氏有什么分别?
简单地说，姓大氏小，氏是从姓分化出来的。在古代，一个有着共同血缘关系的宗族，有一个总名；随着人口的繁衍，这个宗族不断分裂出一些分支，各个分支又都有自己的别名。这个宗族的总名就是姓，各个分支的别名就是氏。
以周人为例，周人是黄帝之后，姬姓;周人灭商后，建立了周朝，接着封建了许多同姓诸侯，如鲁、卫、晋、曹、滕等等，这些诸侯都以国为氏；各国诸侯传至几代之后，再封立卿大夫，卿大夫或以王父字为氏，或以官为氏，或以封邑为氏，如鲁国有展氏、臧氏、东门氏、季孙氏、孟孙氏、叔孙氏等等；以此类推，卿大夫再分置 侧室 、 贰宗 ，如，从季孙氏分立出公父氏，从叔孙氏分立出叔仲氏，从孟孙氏分立出子服氏，等等，这又产生了一些氏。在这个大系统中，姬姓是始终如一的，从天下、诸侯、卿大夫、士一直到庶人，都属于姬姓；而各个不同层次的分支，则各有各的氏，并且，不同层次的氏之间，还有大宗、小宗的从属关系。
可见，在周代，姓与氏截然不同。男子称氏，是为了表明自己的族属，让人一看即知从属于哪个宗族哪个分支。女子称姓，则是为了严守 同姓不婚 的原则，避免与同姓谈婚论嫁的尴尬。