仔猪能跨省运输，但要办理好相关证明。
一般商品仔猪跨省运输时，需要有运载工具消毒证明、产地检验合格证明以及非疫区证明。如果种猪仔猪要跨省运输，除上述三种证件外，还需要种畜生产许可证和种畜合格证。
说明：
长途运输新鲜猪肉需要动物检疫合格证明和道路运输经营许可证，而生猪运输需要以下手续和证件：动物防疫条件合格证、营业执照并且按规定抽检合格后，走指定的路线，点对点调运。调运活猪的车辆，必须为备案车辆，未备案的不得运猪，已备案的实行动态管理。
注意事项：
自2021年4月1日起，海南、广西、湖南、江苏、四川、山东六省禁止跨调运生猪。
法律依据：《关于停止跨省调运生猪加强分区防控措施的通告》 自4月1日起，停止外省肉用生猪入岛。允许种猪(含后备母猪)、商品仔猪(30公斤以下，含30公斤)凭有效证件从秀英港、新海港、粤海铁路南港、美兰机场、凤凰机场五个指定通道进岛。