凤眼蓝不能自然越冬，应采取保温措施助其越冬保种，一般要求水温在5℃以上，才能保证苗种安全越冬。在平均气温下降到10℃左右时，植林停止生长，茎叶逐渐发黄。尽早进生长健壮橼型中等，无病虫害的埴林留种，保护种株防寒越冬。
凤眼链的越冬管理1、种苗选择
挑选新株、壮株，摘去病叶和烂叶后留作种苗，放养量5千克∕米。
2、通风换气
每天坚持通风，保持客观存在内空气新鲜。4月下旬，白天可全部打开门窗，下午4-5时再关上；放养前10天，昼夜均要全部打开，进行炼苗，使种苗逐渐适应自然环境，为种养作好准备。
3、保持低温
保种阶段的适宜水温为13℃-15℃，昼夜温差不能超过2℃，在10℃以下就会停止生长，4-5℃可维持生存，0℃以下即死亡。所以，在保种阶段室内要防止气温过高，最好低温保存，使种苗呈休眠状态。
4、保持光照
凤眼蓝对光照的要求很高，光照时间越长，光合作用越旺盛。无论气候冷暖，每天必须光照4-5小时，尤其春天更要保持良好的光照条件。如果2-3天因覆盖过严而不能见光、透光，凤眼蓝就会烂根甚至死亡。因此，保种室每天都要打开盖帘，增加室内光照和提高室温。
5、换水和施肥
凤眼蓝保护室内相对湿度以70%-80%为宜，春天气温增高，风比较大，水分蒸发快，需要经常喷洒池水和定期换水，一般每两个月换一次水，水的温差不能太大。采用低温保苗时，可以不换水。除保种苗前施足底肥外，保种期间也要常追肥，最好用腐熟的人粪尿，按1：20的浓度稀释。注意，追肥时不能直接洒在种苗上。