古代秘鲁印第安人信仰多种多神论和泛神论的宗教。根据印第安人的信仰，太阳、月亮、闪电和高山等自然现象都是膜拜的对象。每一个部落有自己的神灵，并为他们建造庙宇。但是，所有这一地区的印第安人最重要的神祗是造物主维拉科查和大地女神圣母帕查。
在印加帝国建立王朝之前，维拉科查的传说就已经流传在印第安人中间。传说这位雨神在的的喀喀湖上创造了日月，教会人们文明的技能。最后他向西跨越太平洋，并许诺有一天还会再回来。这位众神之王的形象一般是长袍持杖的大胡子男子。
西班牙人的入侵为秘鲁带来了新的宗教信仰。他们向土著人灌输罗马天主教，建立了成百的教堂，为每一个村庄确立守护圣徒，举行宗教节日。
现在，百分之九十的秘鲁人信仰罗马天主教，不过，他们并不是十分严格地遵守戒律。而且，当地人把自己的土著信仰融合到天主教中，创造出一种令人着迷的混合宗教体系。
20世纪新教的势力在贫苦农民之间的影响逐渐扩大。秘鲁政府奉行宗教信仰自由的政策。