南普陀寺因其与浙江舟山普陀山普济寺同为主祀观音菩萨，又地处普陀山之南，故名南普陀寺。
南普陀寺始建于唐末五代，初称泗洲院。北宋僧文翠改建称无尽岩。元废。明初复建，更名普照寺。明末诗僧觉光和尚迁建于山前，殿堂院舍齐备，住僧常达百余众，清初又废于兵祸。清康熙二十二年（ 1684 年），靖海候施琅收复台湾后驻镇厦门，捐资修复寺院旧观，又增建大悲阁奉观音菩萨，并以之与浙江普陀山观音道场相类比，更名为南普陀寺，此后数百年来，经历代主持景峰、省己、喜参诸和尚多次重修扩建，至民国初年，已构成三殿七堂俱全的禅寺格局，成为近代闽南最具规模的名刹。
南普陀寺它以上千年的历史和创办中国最早的佛教学府而闻名，是福建省厦门市的标志性景点。南普陀寺依山而建，寺前的碧荷池绿水盈盈，映衬着精致气派的天王殿，一派南国古刹的美丽景象。
南普陀寺在厦门岛南部五老峰下。始建于唐代，为闽南佛教胜地之一。寺内天王殿、大雄宝殿、大悲殿建筑精美，雄伟宏丽，各殿供奉弥勒、三世尊佛、千手观音、四大天王、十八罗汉等，藏经阁珍藏佛教文物丰富多彩，有经典、佛像、宋代铜钟、古书等。明万历年间血书《妙法莲花经》和何朝宗名作白瓷观音等最为名贵。
寺宇周围保留众多题刻，著名的有明万历陈第、沈有容题名石刻和清乾隆御制碑。寺后崖壁“佛”字石刻，高一丈四尺，宽一丈。寺后五峰屏立，松竹翠郁，岩壑幽美，号“五老凌霄”，是厦门大八景之一。
五老峰
五老峰是厦门八大胜景之一，五老凌霄以其挺拔秀奇著称。山上林木蓊郁，奇石嶙峋，洞壑幽深，岩泉清冽盘旋曲径，直上颠峰亭台，放眼海天深处，碧波荡漾，巨轮轻艇往来如梭。环视鹭岛新姿，绿树掩映，层楼大厦参天。俯瞰足下，梵宇琳宫浮现于云雾缥缈之间，恍若置身蓬莱仙阁之上，飘然欲仙，乐趣无穷。真不愧为鹭岛名山藏古寺，梵宫胜景纳游人。
天王殿
1925年会泉法师住南普陀方丈时重建，为歇山顶重檐蹿角式单层砖石、木构建筑，阔为五间，前有红漆大门，后无墙。供奉弥勒菩萨、韦驮和四大天王。
大雄宝殿
1932年转逢法师重建，为歇山顶重檐蹿角式单层砖石、木构建筑，阔为八间，绿瓦石柱，金碧辉煌。供奉三世尊佛。
大悲殿
1930年太虚法师重建，八角形三层飞檐蹿角式亭阁单层建筑，后于1962年改建为钢筋水泥、木构式。供奉观音菩萨。
在中国佛教历史上，南普陀寺有其重要的地位，它是佛教在闽南一带的传播基地。南普陀的几任住持，在中国佛学界都享有盛誉。1927年起任南普陀住持兼闽南佛学院院长的太虚法师，曾到南洋、欧美各国讲学、传道，影响很大。而且他提倡的佛教改革，团结教派，也很有成效，为佛教作出了极大贡献，这也使南普陀寺的声名在海内外广为传扬。
本世纪二十年代以来，南昔陀寺一度成为海内外佛教交流的中心。诸方来寺视察、朝参、访问的高憎大德和佛教界知名居士，络绎不绝。南普陀寺香火旺盛，进香者与游人络绎不绝。南普陀寺内千手观音工艺精绝藏经阁珍藏佛教文物丰富多彩。庙宇周围保留众多名人题刻，寺后崖壁“佛”字石刻，高一丈四尺，宽一丈。南普陀寺后往上就是五老峰，登临远眺，山风海涛，尽收眼底。