台湾原住民认为宇宙和大地是由无数超自然的、无形的“灵”支配着。各地区原住民关于“灵”的观念不尽一致，如北部的原住民相信凡生物皆有灵，但人的灵始有神力；南部的原住民则认为万物皆有灵，故有人鬼及其他诸神。他们都认为人灵有生灵与死灵之别，死灵才具有神力。布农人、曹族人除了灵魂观念以外，并有创造神和司理神的观念，不过这二者尚未达到人格化的程度。排湾人、鲁凯人、卑南人和阿美人已有多神观念，排湾人有雕刻的神像，是神人格化的具体表现，但他们关于神灵与灵魂的观念是经常混淆的。
原住民把人的“灵魂”分为生灵和死灵两种。人生存时灵魂存在于身体的各部分，灵魂脱离肉体，人便得病，灵魂完全脱离肉体，人便死亡。他们认为打喷嚏是灵魂脱出的现象，故普遍忌打喷嚏。在他们看来，睡眠是暂时的死亡，而患病则是生灵一时被恶神所夺，尚可争取恢复，一旦恢复不了便是死亡。死灵有善恶之分。生前积善或有功者，其灵顺利进入天府、灵界，而横死者的恶灵则到处游荡，没有归宿，不能进入天府、灵界，只好彷惶徘徊于人间，作祟生人。阿美人认为生人体内有魂和魄，人死后魂升入天空，变为祖灵；魄则化为泥土而消失；如因急病、自杀、他杀、横死等恶死的魂，则徘徊于死所附近，作祟生人。泰雅人观念中只有一个灵魂，叫“乌道哈”。曹人阿里山群落，认为灵留在村落，魄一律可入灵界，一般人的灵魂将化为人、狗、百足蛇、鸟等。所以原住民都认为灵在灵界内仍过着家庭生活，那里是极乐世界，距离现世路途遥远，但灵能自由与现世来往，如果现世的人备有酒肉祭祀，其灵即至。
除灵魂外，原住民已产生有神的观念。他们认为有主宰人生吉凶祸福的神，所以需要祭祀、祈祷。神也分为善恶两种，善神是守护与赐福之神，是祭祀与祈祷的对象，如天神、地神、山神、河神和其他自然神等；恶神则是疾病与灾祸之神，是禳祓诅咒的对象。
原住民信仰的神灵，有创造宇宙的主神、自然神、精灵妖怪等几种。创造宇宙主神是宇宙的创造者和主宰人类吉凶祸福之神，如布农人的“利加宁”，曹人的“哈冒”，都是创造宇宙的最高主神。自然神是以广大自然物和自然现象为对象之神，如日月、星辰、山川、风云、雷电等，被认为具有伟大力量，可主宰人类祸福安危。原住民又常把自然神与司理神混淆合一，如认为山神就是狩猎神，河神就是渔泽之神等。司理神是掌管某一事务的神，阿美人、卑南人信这种神，已有人格化和系统化的倾向。司理神也有善恶之分，如山神、水神、风神、雨神、谷神、猎神、家宅之神等为善神；疫神、瘴神等为恶神。精灵崇拜是万物有灵的具体表现，原住民的精灵观念，大都属于泛神崇拜，又称精灵崇拜，即认为宇宙之中，到处都充满精灵。精灵的产生是由于恐惧，尤其是死亡，因为原始的生活环境充满了危险，部族中很多人都不能随自然凋谢而走完人生的旅程。
这类精灵的属类，依各族的观念不同而有深浅。素雅人、赛夏人、雅美人只有死亡的灵魂观念而无精灵崇拜；曹人与布农人则为创世纪神与灵魂观念相混合；排湾人、卑南人与阿美人则有泛神崇拜的倾向，由于已将精灵人格化，所以排湾人有祖先与精灵的雕像。妖怪则是恶神的一种，排湾人、卑南人与阿美人认为有专使人得病或死亡的妖怪，具有怪异的形状和性格。但各族常将鬼魂与精灵两者的定义混淆不清。例如丰收祭的对象为祖灵，同时也是泛灵或物神。他们的祖灵是总括，而非对某一祖先个人的崇拜。
原住民信仰的神多是无形的，只部分有神位或神座。如泰雅人祭祀祖灵时，仅发出大声，招降在天之祖灵。他们虽也有借某物为祖灵之寄托，或设置特殊建筑物作为祖灵临时凭依、坐镇之处的表现，但这些物或建筑本身并非神灵。加赛夏人有家传之蜂巢，置于小藤笼内悬挂于梁柱上，作为祖灵寄托之物。曹人四社群落有卵形小贝，是祖先从本岛原住地分出时，分给各社的象征物，他们将卵形小贝置于小壶内，上面盖上石块，在屋内挖洞藏起来，每年以酒肉祭祖一次，他们认为这个小贝寓有祖灵。曹人阿里山群落在村社的入口处种植赤榕，作为祖灵临时的住处。中部阿美人在屋内绘有粗略的祖先肖像。排湾人、鲁凯人则有象征祖灵的人体雕刻。在鲁凯人、卑南人村社头目家门前榕树边雕刻有祖先之人形木像或石牌，以为祭祀时祖灵降临于此树，祭祖即以榕树旁的神牌为对象。南部排湾人在恒春一带，仅仅立一块未雕刻的石头在榕树旁作为神牌。
占卜在台湾原住民诸族中，也是重要行为，出草、狩猎、祭祀；婚姻、建屋、开垦、都要占卜以问凶吉。依各族不同，而有各种占卜方法。占卜的方法有鸟占、石占、梦卜、水占、竹占、草占、瓢占等。
原住民用以作鸟占的鸟一般是艳头鸟(原住民语称为“西西里”，属燕雀目知目鸟科)，以其方位和数量、鸣声长短、缓急、声调。回声等来判断吉凶。各族群用来占卜的鸟不尽相同，但一般都具有体态灵巧、鸣声富于节奏变化等特征，被赋予传达神旨，沟通人神的特殊本领。吉凶征兆的判断标准因族群部落而异，约定俗成。例如，布农人认为占卜鸟的鸣叫位置左吉右凶，飞向自左而右吉，自右而左凶；排湾人认为占卜鸟从右向左飞，谓之“挡路”，为凶兆，相反为吉兆等等。鸟占要格守禁忌，谨言慎行，否则失灵，鸟占通常与梦占并用。
石占是布农人盛行的古老占卜术，主要用于裁决盗窃案犯。占卜人取圆石置于刀尖、瓶口缘或葫芦嘴上，连唱三遍被怀疑者的名字，祈神赐知，如圆石始终不动，即神意裁定的案犯。石占须格守禁忌，谨言慎行，否则失灵。