一、养殖技术不过关
养泥鳅最大的难点是养殖技术，其一是饲喂管理，必须定时定量的投喂优质饲料或人工配合饲料，其二是水质调控，事实上不管是养泥鳅还是养其他鱼都离不开水质调控，其三是病害防治，一旦爆发病害就很难控制了，最好是先进行少量试养，等充分掌握养殖技术后再扩大规模。
二、养殖环境有误解
泥鳅对水质、水温、溶氧量等环境因子的适应性极强，以至于很多人认为臭水沟中都能养泥鳅，事实上并非如此，优质的水环境是养好泥鳅的基础，其一是定时给鱼塘增氧以保证水体溶氧量，其二是定期给鱼塘注入新水或换水以保证水质，其三是定期给鱼塘消毒以预防发生病害。
三、人工选育技术高
泥鳅可分为本土品种和外地品种两类，其中本土品种的优点是能适应本地的气候和环境、缺点是产量相对较低，外地品种的优点是产量高、缺点是适应性略显不足，为了确保经济效益必须对本土泥鳅品种进行人工选育，但人工选育的工作可不是随便一个泥鳅养殖户就可以做到的。
四、市场风险比较大
泥鳅养殖产业近几年发展得很快，但配套的市场服务却发展得很慢，甚至可能完全没有，例如泥鳅专用的饲料、鱼药及种苗服务、技术服务、销售服务等都严重缺位，市场服务缺位导致整个泥鳅养殖产业链都显得非常脆弱，这对本身抗风险能力就弱的养殖户而言无异于雪上加霜。