银杏树的品种众多，在我国经过长期栽培，已选育出很多种子大、种仁品质好的优良品种。
目前，在我国主要的银杏树栽培品种有洞庭皇、佛指、小佛手、鸭尾银杏、卵果佛手、圆底佛手、橄榄佛手、无心银杏、大梅核、桐子果、棉花果、大马铃等。
在以上这些优质的银杏树品种中，洞庭皇的树势强，主枝旺盛，侧枝较少，大梅核的果核类似梅子，故称为梅核，而桐子果的花朵可自行授粉，所以坐果率高，产量更加稳定。
银杏树的五大品种1、佛手银杏类
为长白果，重约3克，种子为倒卵形状，核狭长且尖，种仁味甘美。
2、桐子果类
为栽培变种，产于广西兴安。该品种的银杏种子较大，为扁圆形状，核近似圆形，先端宽，钝圆无尖，基部较宽，两侧棱脊显著，底部鱼尾状。
3、梅核银杏类
为圆白果，重约2克，种子形状为圆形或近似心脏形，种子顶端微凹入，核为卵形或广椭圆形，种仁带苦味，该品种具有较抗旱涝的优点。
4、大马铃类
为栽培变种，产地浙江诸暨。种子形状为矩圆形，顶端圆钝且有凸起尖头，基部则平宽，其核肥大，呈椭圆形，先端钝尖而基部宽圆，中部以上有棱脊，翼不明显。
5、马铃银杏类
为中间型，即该类品种形态与品质介于佛手银右与梅核类银杏之间。种子顶端有凸起小尖，形状与梅核类相似，而其核则同佛手类相似。佛手银杏类的栽培性最强，梅核类则较为原始。