在水稻被钻心虫侵害后，必须坚持狠治一代、普治二代的防治策略，对秧田集中防治，在化蛹期淹水3.5-6.5厘米，将大部分蛹淹死，通过耕翻种植或浅旋耕灭茬，铲除田边、沟边的茭白、杂草等，以减少虫源。
水稻钻心虫的防治方法1、防治时间
水稻钻心虫多发生在距稻田埂1m处，茎秆在水面上10cm左右的位置，叶鞘处呈不规则变黄现象，重者伴有褐色条纹，扒开叶鞘会发现钻心虫幼虫，此时是防治水稻钻心虫的最佳时期。
2、淹水灭蛹
钻心虫初孵虫主要危害水稻叶鞘，在化蛹期淹水3.5-6.5厘米，能将大部分蛹淹死。或者在第一、第二代幼虫老熟期放干田水，使幼虫钻入根，淹深水3天，杀虫效果可达90%以上。
3、翻整田块
通过耕翻种植或浅旋耕灭茬，减少稻桩的残留量，清理稻草，铲除田边、沟边的茭白、杂草等，可以减少虫源，破坏钻心虫的越冬场所，从而降低害虫越冬的成活率。
4、药剂防治
水稻被钻心虫侵害之后，应坚持狠治一代、普治二代的防治策略，一代以压低基数为目标，对秧田集中防治，可以收到明显的防治效果。二代以控制危害为目标，保产夺丰收，可以使用18克/升的阿维菌素乳油喷洒防治。