海狸鼠分辨公母，可以从体型、阴门和肛门的距离、有无睾丸和乳头等几个方面来进行。
1、雌性海狸鼠：阴门与肛门的距离较近，可见4个孔，在腹部有4对乳头，背部具针毛和绒毛，腹毛比背毛多且厚。
2、雄性海狸鼠：雄鼠的体型较大，阴门和肛门的间距离约为3厘米，肛门处仅有1个开口，在腿内侧腹股沟有约蚕豆大小且有弹性的睾丸（注意，受冷后睾丸在腹腔壁难以摸到）。
鉴别海狸鼠性别的方法
1、从阴门至肛门间的距离来分辨，3月龄公鼠阴门与肛门间距离约3厘米，肛门处只有1个开口；母鼠阴门与肛门间距离较近，可见到4个孔。
2、公鼠阴门与肛门处有阴茎包皮约0.5厘米，扒压可见阴茎；母鼠可见到阴蒂，用食指和母指扒压阴门处可见粉红色的阴道。
3、公鼠在腿内侧腹股沟内，可以摸到约蚕豆大小有弹性的睾丸，幼龄鼠和成年鼠受冷后睾丸在腹腔壁不易摸到。
4、最后，同月龄鼠，公鼠比母鼠体型大，公鼠比母鼠活泼，有雄性表现。