酒曲酿酒是中国酿酒的精华所在，大约在3 000年前，中华民族的祖先就发明了曲蘖酿酒，曲蘖是古代人们对酒曲的俗称。酿制醇香浓厚的酒，酒曲制作被认为是最重要的，酒曲对酒的浓度，和醇香起着决定性的作用，所以自古就有曲是“酒之骨”的说法。制曲本质上就是培养及扩大酿酒微生物的过程。即：将自然中的微生物，在淀粉质原料中进行富集、扩大培养，然后风干储藏，生产时按需取用。我国古代制造酒曲的技术是世界上最早的保存酿酒微生物及其所产酶系的技术，被称为是继四大发明之后的第五大发明。
曲药
1 9世纪末，法国的科学家对中国酒曲进行了研究，发现我国的曲药兼有糖化和发酵的双重功能，从此改变了西方单纯利用麦芽糖化的历史。后来人们把这种利用霉菌糖化的方法称为“淀粉霉法”或“淀粉发酵法”。这种用霉菌糖化、用酵母菌发酵制酒的方法是现代酒精工业的基础，同时它也对现代发酵工业和酶制剂工业的发展产生来了深远的影响。
酒曲巾含有丰富的微生物，如霉菌、细菌、酵母菌、乳酸菌等，霉菌中有曲霉菌、根霉菌、毛霉菌等有益的菌种，同时，酒曲还含有丰富的培养基成分，是提供酿酒用各种酶的载体。
酒曲大致分为5类，即：大曲、小曲、曲饼、红曲、麸曲。大曲中含有的微生物品种丰富，除含有促进生产的主力军酵母菌及霉菌以外，还含有大量的能够产生微量香气成分的细菌等微生物，所以大曲酿制的酒浓香醇厚，回味悠长；而小曲是以根霉菌、酵母菌为主，经历代人工驯化，接近纯种；曲饼居于大小曲之间，是人工接种菌种，以根霉菌及酵母菌为主；以酿制黄酒为主的红曲则是在米上培养的红曲霉菌；以酿制普通白酒或酒精为主的麸曲则是用麦麸皮为原料，蒸熟后接种纯种的曲霉菌。由此可以看出，小曲、红曲、曲饼、麸曲等曲药所含菌种都相对单一，因而所酿制的酒体香味物质也较单一。
但是，并不是曲药中所有的微生物都有利于酿酒生产，曲药中既有有益菌也有有害菌，它们互相牵制、互相作用，从而控制整个白酒发酵过程。
有益菌主要有糖化菌和包括产香味菌在内的发酵菌两大类，包括霉菌中的曲霉菌及根霉菌为主的糖化菌群，酵母菌中的酿酒酵母、异常汉逊酵母及球拟酵母菌等。细菌中的己酸菌能够产生微量香气物质；适量的甲烷菌及丁酸菌也有利于白酒香气成分的形成；而部分放线菌则具有脱臭和生香作用。
有害菌则不得不说霉菌中的青霉菌，若制曲过程中被青霉菌污染，则产出的白酒会呈苦味。此外，酵母菌中的野生酵母、细菌中的乳酸菌在大曲、小曲及其酒醅中均存在，量多则对酒质不利；如果在麸曲及酒母培养中感染此菌，则会导致酸败。
四川川南一带产的软质小麦，尤其适合用来制作酿造浓香型及酱香型白酒的大曲，加之得天独厚的自然条件和传统的制曲技艺，使酒曲外表都有颜色一致的白色斑点或菌丝，断面呈猪油色，并有红黄斑点，具有特殊馥香。除了大曲，四川还有大量的优质小曲酒，以精白度不高的籼米或米糠为原料制作小曲。值得一提的是，无论是大曲还是小曲，川人制曲的工艺都很好地保留了传统和特色，即使是在酿酒科技高度发达的今天，传统作坊式的制曲工艺仍保持着原先的本色，各个酒厂自制酒曲的配方都是各有特色秘而不宣的，尤其是名酒。可以说，传统的制曲工艺奠定了酒的卓越品质。