关于锡伯族西迁，并非偶然，有一定的历史原因。
首先，1758至1759年两年（乾隆二十三年、二十四年）清朝政府平定了南疆大小和卓的反叛，伊犁地方人烟稀少、土地荒芜、防务空虚，沙皇政府又不断地向东扩张。面对这种形势，清政府一面从内地派遣官兵，筑城驻防，一面从南疆移民屯田，并于一七六二年，（乾隆二十七年），命明瑞为首任伊犁将军，驻伊犁惠远城，总理南北两路军政事务。但是清政府仍感兵力不足，伊犁防务不甚坚固，亦为地处伊犁东北的塔尔巴哈台（今新疆塔城一带）地方，非但与伊犁毗连，且通阿尔泰、科布多（今蒙古人民共和国吉尔格郎图）等地，虽于伊犁驻兵而塔尔巴哈台不驻，则西北两路，声势不能呼应，惟塔尔巴哈台驻兵，周围环设卡伦，则西北两路方能彼此呼应，伊犁军城，将更为强盛。
其次，伊犁地处边陲，战略地位非常重要，需要强有力的兵驻守，锡伯兵骁勇强悍，善于骑射，正合清政府的意愿。一七六三年，（乾隆二十八年）伊犁将军明瑞请求增派官兵时奏称，“闻得盛京驻军共有一万六、七千名，其中有锡伯兵四、五千名，未放弃旧习，狞猎为生，技艺尚可，于此项锡伯兵内，选其优良者一同派来，亦可与黑龙江兵匹敌”。明瑞在伊犁听说相隔数千里之远的盛京锡伯兵的情况，并奏请调拨，锡伯兵调到伊犁以后，在抵御沙俄侵略军和平定张格尔时的战斗中得到充分的证明。
再次，让几个民族共处一地，互相牵制，这也是清政府为维护其统治而实行的政策。
以上三点是锡伯族西迁新疆伊犁的根本原因。和第一次南迁盛京是有区别的，并非“分而治之”。清政府从盛京及其所属各城的锡伯族官兵内，挑选年富力强，善于乘骑打猎的兵一千名，防御、骁骑校各十名，官兵之家眷三千二百七十五口，共计四千二百九十五人迁到伊犁。但实际到伊犁的锡伯族不止此数，据乾隆三十年，伊犁参赞大臣爱隆阿麦称：“据护送一千名锡伯官兵之协领阿穆胡朗、噶尔赛呈称：去岁，我等前来时，除已入红册之人口外，沿途陆续新生男女幼童共三百五十多人。此外，我等于途中查出跟来之闲散人员四百余名，当即询问，伊等皆答称系官兵之兄弟子女，由原籍起程时，跟随而来，其中男二百四十七名，女一百五十八名。实际起程时跟随而来，并无他故。惟红册内无其名额。”按以上各数计算，当年实际迁到伊犁人数，共五千零五十名。
锡伯族官兵从盛京起程前，除由盛京户部支给派出之防御，骁骑校各一年之俸银外，又发给两个月盐菜银，每人每月二两，马六匹。发给兵丁两个月盐菜银，每人每月一两五钱。每户发给整装银三十两，应发帐房，铁锅之折价银六两、马六匹、牛三头、车一辆。其家属自备两个月口粮。尔后将锡伯族官兵及其家属分成两队，先后起程。第一队派去防御五员，骁骑校五员，兵四百九十九人，官兵之家眷老少共一千六百七十五口，一并交给协领阿穆胡郎（盛京镶黄旗协领）管带，于一七六四年（乾隆二十九年）四月初十日起程，第二队派出防御五员，骁骑校五员，兵五百零一人，官兵之家眷老少共一千六百口，一并交给协领噶尔赛（熊岳协领）管带，于（乾隆二十九年）四月十九日起程，锡伯族官兵扶老携幼，赶着牛车，离开自己多年生活的故乡——盛京，出彰武台边门，经克鲁伦路和蒙古路，于八月二十四、二十五日才抵达乌里雅苏台（今蒙古人民共和国扎布哈郎特）。农历八月末的蒙古高原，已是青草无存，寒气逼人的季节，锡伯族官兵携带家眷无法前进。于是在乌里雅苏台扎营，等来年草木返青，再赶往伊犁。
在乌时雅苏台过冬期间，牲畜因长期乘骑驾驭，疲惫瘦弱，加之雪厚无草，开春时，瘟疫流行，原由盛京起程时所带之牛三千零三十六头，先后倒毙二千五百九十六头，仅剩四百四十头，所带之马二千二十匹，虽然只倒毙二十多匹，但大半疲弱，生癞者众……不得其力。再不能靠这些畜力前往伊犁了。经管带呈报交涉，才由乌里雅苏台将军成衮扎布奏准，每户给马一匹，驼一峰，由此处牧场共拨马五百匹，驼五百峰给之，并命令协领阿穆胡郎、噶尔赛将此马驼，沿途妥善保管使用，抵达伊犁后，照数交还，若有倒毙者，还要赔偿。
锡伯族借到马驼之后，每人带四个月口粮和一个月茶叶，仍分两队，于一七六五年（乾隆三十年）三月初十日起程，行至科布多一带，正值阿尔泰山脉积雪融化，数河俱溢，水深流急，不能行走，等水稍退，乃穿绕科齐斯山西行，又受困数日。所剩兵丁之口粮，只足月余，所借马驼也例毙甚多，在这粮食将绝，畜力不足，行走极为艰难的情况下，阿穆胡朗和噶尔赛尔无可奈何，一面请求伊犁参赞大臣爱隆阿派人前来接济，一面带领锡伯族官兵及其家眷继续前进，从伊犁派人接济之前，余粮已尽，乃采野菜充饥。
过了霍博克赛尔，察罕俄博，于六月十二、十五日，第一队行至珠尔虎珠，察罕霍吉尔等地，与前来接济之索伦佐领蒙武里相遇；六月二十四、二十六日，第二队行至阿勒坦额墨，沙麻乌苏等处，方与前来接济之侍卫舒敏相遇。两队锡伯族官兵及其家眷得到接济后，经过额来勒，巴图鲁克，博罗塔拉等地，于乾隆三十年七月二十二日，先后抵达伊犁绥定一带。
这一次万里行军，清政府原定三年期限，他们只用了一年零五个月。旅途生活十分艰苦。但是，这部分锡伯族人民，终于以坚韧不拔的精神，完成了这一伟大的历史壮举，在祖国的西北边疆扎下根来，和当地的兄弟民族一起，担负起保卫边疆，建设边疆的重任。