南京博物院是中国三大博物馆之一，其前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院，是中国创建最早的博物馆、中国第一座由国家投资兴建的大型综合类博物馆，是大型综合性的国家级博物馆、全国综合性历史艺术博物馆。
南京博物院占地13万余平方米，为“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究、古代艺术研究所，并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构。
截至2010年，南京博物院拥有各类藏品42万余件（套），馆藏数量居中国前三，上至旧石器时代，下迄当代；既有全国性的，又有地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠，均为历朝历代的珍品佳作和备受国内外学术界瞩目的珍品。青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等所有文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列。
南博藏品一部分接收自中央博物院筹备处，另一部分来自中华人民共和国建国后的考古发掘、征集、收购、捐赠、接收及交换。藏品的年代从旧石器时代直至当代，种类有石器、陶器、玉器、青铜器、瓷器、书画、织绣、竹木牙雕、民俗和当代艺术品等。
2007年，经过专家甄选和市民投票，共评出18件南京博物院“镇馆之宝”：
1、镇护之宝 金兽
这只西汉时期的金兽是1982年正月初七，盱眙县马湖店村农民万以全挖水渠时发现，通高10.2厘米，身长16厘米，身宽17.8厘米，重达9100克，含金量达99%，空腹、厚壁，浇铸成形，是迄今我国出土文物中最大最重的金器，金属铸造和捶击工艺完美结合的真罕实物，被誉为”国之瑰宝”。
2、御窑之宝 釉里红岁寒三友纹梅瓶
明洪武釉里红岁寒三友纹梅瓶是明代陶瓷器，1957年3月出土于南京市江宁区东善桥响龙山明代墓葬，为国宝级文物，是现存惟一一件带盖子而且保存完整的洪武釉里红梅瓶。此梅瓶造型优美，器型完整无缺，岁寒三友指松树、绿竹、梅花三种常绿植物，象征着高洁的志向。
3、通天之宝 透雕人鸟兽玉饰件
透雕人鸟兽玉饰件出土于1991年，昆山市赵陵山遗址77号墓中。赵陵山位于昆山市张浦镇西南，属长江三角洲太湖水乡地带新石器时代遗址。
该饰件出土时放置在墓主右脚下的一个石钺圆孔处。据钺上部的朱色、缚痕和现场遗留的朱彩图案痕迹等判断，石钺原为带柄器。钺作为一种由武器演变而来的礼仪之器，显示着墓主人生前拥有的军事权威。透雕人鸟兽玉饰件应是钺上附加饰件，具有极高的历史价值和工艺价值，是我国出土时代最早的人鸟兽图案透雕精品，良渚先民通天神、显权威的神秘象征物。
4、贵媛之宝 金蝉玉叶
1954年，在苏州五峰山博士坞的明代弘治年间进士张安晚家族墓地14号墓发掘中，考古人员惊奇地发现了这件金蝉玉叶，出土位置在墓主人的头部，同时出土的还有银笄二件、金银嵌宝玉插花四件，证明这件物品是贵族女子头上的发簪。
一只神形毕肖、金光闪耀的蝉立于玉叶上。它侧身翘足，双翼略张，嘴巴微开，蝉翼左右各两。玉叶系用新疆和田羊脂白玉精工琢磨而成，叶片打磨细薄呈凹弧状，分为八瓣，是一件构思巧妙、制作精美的稀世工艺珍品，妙趣横生、令人惊艳的罕见闺房至宝。
5、神异之宝 青瓷神兽尊
西晋青瓷神兽尊在1976年出土于宜兴周处家族墓周墓墩中。神兽尊造型略微呈梨式，肩部两侧和腹部各有三只横系，上大下小，作品字形排列，平底微内凹。此青瓷神兽尊体量大，神兽的神态惊人，全身刻满纹饰，造型独特而又具有西晋瓷器的典型特征，是我国最早有铭款的瓷器之一。
6、护佑之宝 银缕玉衣
银缕玉衣在我国仅发现一件，1970年出土于徐州市东汉彭城王刘恭后裔的墓中。玉衣全长1.70米，玉片2600余块，银丝约800克，形状与金缕玉衣相似。这是我国第一件经考古发掘、科学复原且品相完好的汉代银缕玉衣。
7、祭礼之宝 人面兽面组合纹玉琮
人面兽面组合纹玉琮为新石器时代玉器，系透闪石软玉制成，呈乳白色隐现翠绿、赭红斑纹。造型为矮方柱体筒形，外方内圆。孔为两面对钻而成，琢磨光滑。
这也是新石器时代良渚文化琢玉工艺精妙绝伦的代表作，良渚人最富有特色的原始宗教信仰标志物。
8、弘觉之宝 鎏金喇嘛塔
上世纪50年代，在牛首山弘觉寺塔地宫出土了一件鎏金藏式佛塔。这是明代佛教工艺绝品，国内出土唯一一件“迷你型”鎏金喇嘛塔。
这个鎏金喇嘛塔非常精美，在喇嘛塔的四周还有兽角佛像、瓷罐、玉瓶等。塔身有四个壶门，内有释迦、韦陀佛像，上施有相轮、十三天、宝盖、宝珠等。塔内须弥座上布置有一组佛像，须弥座内藏有珍珠、宝石、水晶、玛瑙、玉石、骨灰等物。整个鎏金塔安放在一个红色砂岩雕成的须弥山形基座上，四面雕刻胡人献宝、双狮戏球、双鹿嬉戏、蛟龙穿浪图案。塔座下枋刻：“金陵牛首山弘觉禅寺永充供养”，背面是“佛弟子御用监太监李福善奉施” 。
9、水墨之宝 徐渭《杂花图卷》
《杂花图卷》是明代杰出的画家、书法家和文学戏剧家徐渭创作的一幅书画作品，是我国古代写意花鸟画集大成者的精绝之作，不愧“天下第一徐青藤”之美誉。
画卷长十余米，徐渭以酣畅淋漓之笔法，疾飞狂扫之气势，用焦墨、泼墨、积墨等多种笔法和技法，把牡丹、石榴、荷花、梧桐、菊花、南瓜、扁豆、紫薇、紫藤、芭蕉、梅花、兰花、竹子等13种花卉蔬果表现的淋漓尽致。
10、光明之宝 错银铜牛灯
错银铜牛灯为东汉青铜器，1980年出土于江苏邗江县甘泉2号东汉墓。汉代青铜灯具中实用、科技与艺术完美结合的顶尖之作，其环保意识和设计领先西方国家一千多年。
铜牛灯由灯座、灯盏、烟管三部分组装而成，灯座是一俯首站立、双角上耸的黄牛。牛腹中空，背负圆形灯盘，灯盘一侧设置扁平把手，便于转动灯盘，盘上饰两片可以灵活转动的灯罩，其中一片刻镂空菱形斜方格形纹，起到散热、挡风和调光的作用。
11、福寿之宝 青花寿山福海纹瓷炉
明宣德青花寿山福海纹瓷炉是一件南迁文物，是明代宣德御窑瓷器的巅峰之作，同类瓷器中唯一品相完好之大器。
青花寿山福海纹炉上虽然没有书官窑款，但它不仅是明代宣德朝官窑瓷，而且是官窑瓷中的重要器物。炉高58厘米，造型仿青铜鼎。它与一般白地蓝花的青花器不同，是蓝地白花，即以青花为地，白釉表现海浪。浓重的青花发色、青料略有蕴散的缺陷美、仿青铜鼎的造型与满器似要外溢的海浪相融于一体，使青花炉具有憾人心魄的艺术魅力，令观者为之动容。完整的宣德青花寿山福海纹炉仅存一、二件，足以见其珍贵。
12、慈航之宝 金观音菩萨立像
这尊佛像由纯度很高的黄金制成，通高88厘米，且佛身与莲座皆装饰华丽，嵌珍珠宝石，雍容华贵，尽显皇家气派，应是清王朝全盛时期由宫廷的能工巧匠制作而成，代表了清代宫廷造像工艺最高水平。
13、舆图之宝 利玛窦《坤舆万国全图》
《坤舆万国全图》是国内现存最早的、第一幅出现美洲的世界地图，作者为太仆寺少卿李之藻。该图对于中国地理的描绘是极其详尽的，李之藻增补了大量关于中国的地理信息，超出对于其他国家的描绘，对于中国省份、重要城市的都有详细标注，地图还描绘了中国主要的山川、河流，例如黄河、长江，详细表现了其发源地、流经的省份。另外，世界著名河流也有提及，例如幼发拉底、尼罗河、伏尔加河、印度河都出现在图中。
14、文房之宝 鎏金镶嵌兽形铜盒砚
鎏金镶嵌兽形铜盒砚1970年出土于徐州土山汉墓，墓主为东汉某代彭城王，珍罕的文房实用砚，构思奇特，工艺精湛，代表了汉代制砚工艺的最高成就。
铜盒砚长25厘米、宽14.8厘米、通高10.2厘米，铜盒砚的整体形状貌似蟾蜍，头生双角，身添羽翼，张牙瞪眸，四足蹲伏，是当时的吉祥神兽。该砚通体鎏金并镶嵌红珊瑚、青金石、绿松石。
15、权信之宝 广陵王玺金印
1981年，江苏邗江甘泉山二号东汉广陵王墓出土了唯一一枚汉朝刘姓王金印，与滇王之印和倭奴王印为姊妹印，具有极高的历史和艺术价值。
该印由高纯度黄金制成，金光灿灿，重122.87克。印面长2.375厘米、宽2.372厘米。龟钮，钮高2.121厘米，台高0.945厘米。其龟钮精致，纹饰优美，印文阴刻篆书“广陵王玺”，布局疏密有致，行笔直中有曲，流畅和谐，坚挺饱满。全印设计精妙，制作工整，为汉印中精品。
16、织绣之宝 沈寿绣品《耶稣像》
《耶稣像》是一幅民国绣品，为刺绣国手沈寿的作品。此作品以文艺复兴晚期意大利画家琪特的油画耶稣画像为原本，创造性地运用了虚实针、旋针等新针法，并根据人物肌肤丝理的需要和油画明暗层次的变化，精心选用自己染就的100余种不同色泽的丝线，将这幅《耶稣像》绣织得惟妙惟肖、栩栩如生。
17、天工之宝 错金银重络铜壶
1982年2月10日出土于盱眙南窑庄窖藏，是挟战国群雄争霸之风云，集中国古代范铸公益之大成的青铜重器，弥足宝贵。
铜壶有三处铭文，分别位于口内、圈足内侧和圈足外缘。重金络青铜壶造型奇伟，纹饰华丽，是唯一一件能集先秦金属工艺之大成于一身，并反映重大历史事件，体现泥范铸造工艺最高水平的现存青铜器。
18、画像之宝 竹林七贤砖画
整幅砖画长约4.8米，高约0.8米，出土于南京西善桥某南朝大墓中，是我国考古发现的最早且品相最为完好的大型人物画像砖实物，南朝帝王陵墓装饰壁画，20世纪中国百项考古大发现之一。
砖画由200 多块古墓砖组成，分为两幅，嵇康、阮籍、山涛、王戎4人占一幅，向秀、刘伶、阮咸、荣启期4人占一幅。人物之间以银杏、松槐、垂柳相隔。8人均席地而坐，但各呈现出一种最能体现个性的姿态，士族知识分子自由清高的理想人格在这块画像砖上得到了充分地表现。