吉水是吉安地区宗教重点县之一。全县宗教有佛、道、天主、基督四大教派，信徒4000余人，教职人员约50余人。正式登记的宗教场所有33处，其中佛教活动场所30处，道教2处，基督教1处；临时登记的宗教场4处，基督教3处，道教1处。
佛教
东吴赤乌四年（241），佛教开始传入吉水并在乌江建龙仙寺。唐高祖李渊时，佛教七祖来青原山传教后，吉水佛教大盛。历经宋、元、明、清数朝，信费教者仍然甚多。曾拥用上千僧侣的寺庙有数座，且有历代名人留迹，遗下许多旧庙及遗址。1995年，全县佛教活动声所正式登记的有22个，1997年又正式登记了8个，全县职业僧尼30余人。目前，香火不断，较有名气的有龙华寺。
龙华寺是吉水目前所存最古老的佛教寺庙，也是县城内唯一寺庙。1995年经县政府批准登记为合法宗教活动场所。
龙华寺为南唐保大年间建造，初名为龙光寺，后改名为龙华寺。
龙华寺历史悠久，声名远扬。自南唐保大九年（公元951年）元寂禅师奉诏到此传经，近千年香火旺兴，有历代名人游览，并留下许多诗画墨宝。宋朝苏东坡、杨万里，明朝解缙、罗洪先、邹元标等皆有誉诗。
龙华寺几经兴衰，今仅留大雄宝殿和僧尼寓舍及部分院落，人员从兴盛时逾千人至今仅有三、四个老尼。
道教
道教于东吴赤乌年间（230-250）传入吉水，宋朝大盛，元、明、清仍较风行。民国时，由于受国内革命的影响，信道教者有所减少。1995年正式登记道教活动场所有2个，1997年临时登记的道教活动场所1个，就是“天玉观”，它的名声也较大。
天玉观又名天狱观，始建于明朝洪武时期，座落在天玉山顶上。近年来吸引吉水及吉安市、泰和县、吉安县等许多地方人士来观光、朝拜，特别是地司太子生日（农历2月22日）前五天，更是香客无数，烟火旺盛。
天主教
天主教于清同治庚子（1900）年传入吉水。第一个传教士叫伯神你（译名万其哥），意大利人。他于民国初年回意大利。以后是法国德神你，他在县城（现县医院内）建了天主教堂，是吉水有教堂之始。民国十年德神你回国后，由法国戴斐理接替。戴于民国十八年去吉安后，教务由吉安兼管。第一次国内革命战争中，由荷兰人步律格任神你。1941年改由意大利人潘博德任神父。潘在县城建立了女教堂。抗日胜利后，潘任吉安神你吉水教务，由意大利人石安当与黎振铎（清江人）共同负责。1951年因石安当为外籍神你被遣返，教务由黎振铎一人负责。因县城教堂驻扎中共吉水县委员会，黎迁往水南教堂管理全县教务。
自县城建立天主教堂后，水南、白沙、阜田和丁江的青富段、白水的花树下、富滩的田段等处，先后陆续建起了教堂或教坛。民国期间，教徒日趋增多，建国以后，吉水大部分教徒已经不参加天主教活动，但客居本县的粤民，天主教徒较多。据“文革”前统计，全县天主教徒2500余人，仅葛山棚下村就有教徒270人。1980年以后，教徒减为1004人，主要在葛山乡。
基督教
八十年代后期传入吉水县的基督教，最早为移居吉水的浙江人引入，后逐渐扩大。目前有信徒2000多人，涉及15个乡镇30多个村委会，发展迅速。1995年正式登记了文峰基督教聚会点，1997年临时登记了八都长龙村、螺田山陂村、新和新建村三个基督聚会点。并成立吉水县基督教协会和吉水县基督三自爱国运动委员会。