受闽越崇蛇习俗的影响，唐宋以来直至明清近代，福州各地的崇蛇习俗仍很流行，许多地方建有蛇王庙，塑蛇神之像，香火以祀。福州市区内唐宋以来建有闽越王庙，其中附祀蛇神，民众祀之日盛。据明代谢肃《谒镇闽王庙》诗前小引介绍，闽越王庙内“王有二将，居左右，曾化青红二蛇，见香几间以示显灵，闽人有祷即应。”这首诗是：“钓龙台临江水隅，上有王殿祠亡者，闽地称王于禹后，汉朝封国在秦余。潮喧鼓吹来沧海，云拂旌旗拥碧虚，自古神明归正直，双蛇出没定何如?”
谢肃是浙江上虞人，明洪武年间(1368—1398)举明经，历官福建按察使佥事，著有《密庵稿》。由于他在福州任职有时，因此这一记载应是可信的。此后的一些方志如明代的《八闽通志》及清乾隆《福建通志》等，都有类似的记述。清乾隆《福州府志》卷14记之尤详：“闽越王庙，在钓龙台西，祀闽越王无诸。汉高帝五年封为闽越王，受册于此，后人即其地立庙祀之。……唐大中十年复建，宋时赐号显圣武勇王庙，左右二人王之牙将也。熙宁中，民兵出戍熙河，二将现云端，战遂克。政和间复戍桂府，征蛮之际，二将复现云端，降大雹飞黄蜂以退蛮兵……居民咸谓神助，乃大新祠宇。建楹日有青红二小蛇蜿蜒香几间。升梁及奉二王像入庙，二蛇屡见。庙成，俞向将临视前一夕梦神人青色者来谢。祀毕青蛇忽现王左之前而神之容色一如所梦。有司以闻，赐庙额‘武济’，六年追封为镇闽王。二将左封灵应侯，右封显应侯。……明洪武十年，布政使叶茂祷雨获应，疏闻诏下礼官议从神故封称汉闽越王之神。庙有田为守者……庙故有井通江潮，其深叵测，有龙居之，祷雨屡应。”另据明代福州人王应山《闽都记》卷11、郡东闽县胜迹条记载，闽县东有一龙窟，“旧记云山穴有蟒，天骄蜿蜒，额有王字，人以为龙也，祀之，故名。”类似的蛇神庙明清时期在福州南台等地仍有所见，今大多不复存在。
此外，当时民间的一些妇女多见戴蛇簪或盘蛇形髻者，别有风味。如清人施鸿保《闽杂记》说福州郊外农妇“多戴银簪，长五寸许，作蛇昂首之状。插于髻中间，俗称蛇簪”。清人彭光斗《闽琐记》云：“髻号盘蛇者，昔人咏以为美意，亦如时下吴妆耳。及见闽妇女，绾发左右，盘绕宛然。首戴青蛇，鳞甲飞动，令人惊怖洵怪状也。”这类装饰亦当包含了崇蛇遗风在内，诚如施鸿保《闽杂记》所言：“或云许叔重《说文》云：闽，大蛇也，其人多蛇种。簪作蛇形，乃不忘其始之义耳。”
明清以来乃至近现代，福州周邻仍残留着一些崇蛇遗迹或遗俗。据田野调查资料表明，与福州市邻近的闽侯、福清、连江等地，都流存着一些崇蛇的遗迹遗俗。如闽侯县洋里乡仙洋村，至今保存着一座建于清代初期的蛇王庙。该庙为三进构造，规模较大，当地人称之为大王庙或蛇王宫，遗留的神像上雕有蛇等物。福清有著名的黄蘖山“九使”蛇神的传说及崇拜遗迹。连江县的崇蛇遗迹遗俗，见于品石岩蛇神庙及有关习俗。品石岩蛇神庙崇祀的也是“九使”蛇神。
福建疍民最早的祖先是闽越人，因此，闽越人的崇蛇习俗也直接、长久地流传于广大疍民之中。福建疍民的崇蛇习俗在明清两代直至近现代仍很流行，其中以闽江流域的疍民为盛。清光绪二十九年(1903年)，《侯官乡土记》说侯官境内“蜓之种为蛇”。福州等地疍民的崇蛇习俗在明清时期的一些方志笔记乃至民间传奇小说如《闽都别记》都有记述，如清人郁永河《海上纪略》云：“凡(福建)海船中，必有一蛇，名曰木龙。舟船成日即有之，平时曾不可见，亦不知所处。若见木龙去，则舟必败。”此处之蛇，成为海船的保护神。疍民较常见的崇蛇活动，莫过于崇祀福建民间传说已久的“九使”蛇神。“九使”蛇神的传说主要流行在闽中地区，据明人徐《榕荫新检》引《晋安逸志》记载：“唐僖宗时，福清黄蘖山有巨蟒为祟，邑人刘孙礼妹三娘，姿色妖艳，蟒入摄洞中为妻。孙礼不胜愤恚，必死之。遂弃家远游，得遇异人，授以驱雷秘法，归与蟒斗。
是时，其妹已生十一子，孙礼杀其八，妹奔出再拜，为蟒请命，孙礼乃止。其后三子为神曰：九使、十使、十一使，闽中往往立庙祀之。”九使、十使、十一使三个蛇仔成神后，常巡游民间，若见各路精怪骚扰乡人，便为之驱斗，逐渐成为民间保护神。《榕荫新检》还引载了《晋安逸志》这样一段记述：“然他蟒为祟者，每托三子之名淫人妇女。所与淫者，得见其形，俨然美好少年。其家人及邻里，但闻虚空言语欢笑，酣饮一如生人。淫者之家随意所欲，无不立致。少忤之，则罄其所有，或遇劫，或火其居，或击其人。国朝侯官高盖山亦有一蟒，山下有齐姓百余口，世受毒。允娶妇者，合卺之夕，婿必他宿以让之。次夕乃敢成婚。嘉靖初，有一妇先知此事，乃令人祷于九使庙，密怀利刃以往。比至其家，果见白衣少年入室，随着金甲人追逐。妇遂遮刺之，少年失声而走。
明日，有蟒死于山中，其怪遂绝。”由于新妇祈于九使庙，九使蛇神就变为金甲神以逐恶蟒。类似的传说在福州地区流传甚广，如清代福州民间长篇传奇小说《闽都别记》第186回，就借一老叟之口说：“此乃冶山，有个柳九爷，不是人是鬼。此鬼乃风流鬼，不时去人家迷妇女，外人皆见之，有称九使爷。”此后，老叟还说：“吾今日花耗无几，连行三宗事，一送无主孤魂归宗，二保通乡妇女安静，三为名山剔除枯骸浊气。”众亦接口称善，“那九使自此起迁，尚有一灵游于城厢中外，妇女犹犯之，至今亦迷人。不知道是蟒天神王之九子，实非也。”此处之九使，据老叟所言，乃是埋在冶山第九棵柳树下的野鬼，并非“蟒天神王之九子”。这些传说都辩白并且赞颂了作为民间保护神的九使蛇神。类似传说及九使庙等，在福清、连江等地也有存在，如《黄蘖山志》引《晋安逸志》所载相同。
福清至今还有一处山岭名为“九使岭”，传为九使蛇神所居之处。闽中地区疍民明清近代信奉“九使”蛇神乃笃，清人戴成芬辑《榕城岁时记》九使生日条引《南浦秋波录》曰：“九月九日诸娘家祭神曰九使。”又说：“重九日舸黎婆为九使生日，羊酒花烛欢宴异常。”诸娘、舸黎婆旧指疍民妻女，民间传说重九日为九使蛇神生日，疍民祈之乃欢，其崇拜之情可窥一斑。