云南佛教的各教派，都尊释迦牟尼佛为最高信仰。释迦牟尼创立佛教后，于80岁时逝世，被视为先觉者，尊之为佛陀或佛，以后逐渐被佛教徒神化。小乘佛教讲的佛，一般是用作对释迦牟尼的尊称。大乘佛教除指释迦牟尼外，还泛指一切觉行圆满者，称三世十方，到处有佛，如过去有燃灯佛、未来有弥勒佛；东方有药师佛、西方有阿弥陀佛；就佛身说，有法身佛、报身佛和应身佛等等。
云南汉传佛教主尊大日如来（即释迦牟尼佛），以其为主成五方佛：燃灯佛、弥勒佛，净琉璃世界的药师佛、极乐世界的阿弥陀佛，释迦牟尼为现在佛、沙婆世界的佛，有的还有被称为琉璃光佛、金轮炽盛光佛等。佛之下为众多的菩萨，他们是修持大乘六度、求无上菩提（觉悟）、利益众生、于未来成就佛果的修行者，佛经中常提到的有大慈大悲观世音、大行普贤、大智文殊、大愿地藏等八大菩萨。其中尤以观世音菩萨最为著名，其变化多端，形象各异，主要的有千手千眼观音、白衣观音、十一面观音、滴水观音、数珠手观音以及抱子观音等等，备受信众崇奉。
佛、神之下则是以四天王为首的护法神系统。四天王俗称四大金刚，分身着白色手持琵琶的东方持国天王、身着青色手持宝剑的南方增长天王、身着红色手缠龙的西方广目天王、身着绿色手持伞及银鼠的北方多闻天王，各天王都有一从者和九十一子、八大名将，辅佐四王守护十方空间、各处山川及地方小神。众将中居首位的是专门保护出家人的韦陀，备受僧尼的尊崇。还有教内、民间广为推崇的护法神大黑天。另外，又有六趣轮回变、地狱变、鬼子母变、严华三圣等神祇及数不清的罗汉。
云南藏传佛教主尊释迦牟尼佛祖，但其佛神体系更为庞杂，各种佛、神、护法等不胜数，其中一些与汉传佛教同义，但名称有所不同。金刚手为释迦佛的秘密化身，代表的是释迦佛说密法，因佛的一切力量由手持金刚杵化身而得名，与四臂观音、文殊合为“三族胜姓尊”，代表大悲、大智、大力。还有强巴佛（未来佛）、大医王佛（药师佛）、无量寿佛等本尊佛。在藏传佛教内部，因所修教法不同，有各自各样的本尊，如密集金刚三十二佛为格鲁派所修三大本尊之一；大威德怖畏金刚同为格鲁派所修本尊，是示教法界、降服妖魔的怖畏化身；上乐金刚、时轮金刚及金刚萨 、不动明王、作明佛母等为密宗修持的本尊等等。
藏传佛教也有众多的护法神：马头金刚、五明王、吉祥天母、阎魔、尚龙、大红司命主、罗睺、大黑天、四天王等。与汉传佛教所不同的是，藏传佛教有众多的女神，称之为佛母或度母，佛母主要有：象征佛之净德覆盖一切的大白伞盖佛母、降魔除邪的叶衣佛母、密宗本尊菩萨作明佛母、由菩萨女身化的顶鬏尊胜佛母等；度母主要以颜色区分，有以白度母、绿度母为常见的十二相，据说是救苦救难观音菩萨化身的本尊；另外还有光明天母、妙音天母、空行母等。
大黑天神是大乘佛教神祇大自在天的化身，是密宗的本尊护法神之一，梵文名为“摩诃迦罗”，汉传佛教多称“大黑天神”，藏传佛教称“玛哈噶拉”或“六臂依怙尊”。从佛教传入古南诏大理国时起，大黑天神便备受敬奉，其不仅身肩护法之职，而且还被视为战神，奉祭它，可以增加威德，举事能胜。在云南，无论是藏传佛教密宗还是汉传佛教密宗，大黑天神都占有重要位置；而且在佛教与各地民间信仰的融合中，大黑天神又演绎为驱邪施福之神，被民间广为崇拜，所以，大黑天神成为了云南佛教独具地方、民族特色的神祇，影响较为广泛和突出。
就其形象，云南的大黑天神均依据密宗仪轨，一般为三面六臂，青面獠牙，颈戴骷髅串，前左右手执剑，中左右手分执人头、羊或草，后左右手张象皮与身后；而在一些土主庙中有的面部多了三目，有的多臂，有的坐骑白牛或戴牛头冠。就其称号，云南各地佛教寺庙中（南传上座部佛寺除外）的大黑天神塑像各有不同，如“西来护法大黑天神”、“摩诃金钵迦罗大黑天神”、“伽兰大黑天神”、“镇国灵天神”、“大黑天神景庄皇帝”、“五谷大黑天神”等等。
对大黑天神的民间崇拜，以洱海和滇池流域最为流行。在当地的白族、彝族和汉族等民族中，从南诏大理时期开始，民间就有了供奉大黑天神的大灵土主庙，还流传着许多神话。相传，大黑天神原是玉皇大帝的侍从，因玉皇听信了耳目神关于世间作恶人多的谎报，便被派到人间散布瘟疫、诛杀生灵。大黑天神到了人间，才发现人们敦厚善良，不忍加害他们，于是决定牺牲自己拯救世人，把带来的瘟疫议障符一口吞下肚里，因药力太猛，它的脸被烧得乌黑。为感其恩德，人们广修庙宇，塑其金身，世代供祀。
历代云南史籍对大黑天神多有记载，如“云南各县多有土主庙，所供之神非一，而以祀大黑天神者为多，塑像三头六臂、青面獠牙、狰狞可畏。……”（《新纂云南通志·宗教考》）“大灵庙在府治东，昔蒙氏尊摩诃迦罗大黑天神，立庙祀之，元载于祀典，至今滇人信焉”（明景泰《云南图经志》）。而且，在民间信仰中，大黑天神被赋予了众多的职能，如对五谷大黑天神就有这样的祈祷文“人间天上，化现多般，镇乾坤正直无私，降邪怪威灵有赫，三目六臂护宗门，无愿不从，有求必应。大悲大愿，大圣大慈赦封伽兰本主五谷大黑天神”；甚至在一些本主祈词中，大黑天神“在庙为本主、在寺为伽兰、在世为国王”。
在民族众多、民间原始宗教形态丰富的云南，佛教的大黑天神已演变为地方民族的、神巫合一的神祇了。