闽南人作为汉族的一个民系，入闽后以村落聚居，奠定家族根基，又通过群体性的跨海播迁，形成以家族发祥地为文化符号的血缘和亲情纽带。祭祖是闽南人表达对祖先和祖籍地双重敬意的重要活动。
闽南民间祭祖有自中原传承的宗教规仪，也有基于本地文化生态形成的习俗。按范围分，有族祭和家祭；按地点分，有墓祭和庙祭；按时间分，有年节祭和择日祭；按仪式分，又有追思祖德和超度先人两种。除择日祭外，墓祭通常在清明前后各十天到祖坟祭祀。庙祭地点在宗族祠堂或家族祖厝，有春(清明)冬(冬至)两祭，或在始祖诞辰日、宗祠修建完成进主日，以及特别选定的日子祭祖。20世纪中叶前家祭地点一般在祖厝，以后多在家中，时间主要为传统年节(如元宵、中元、中秋、冬至、除夕 )“敬公”和家祖忌辰等。
祭祖仪式以追思祖德的族祭最隆重，要挂红灯、贴红联、搓红丸、穿红衣，设主祭、陪祭、司仪，鼓乐、鞭炮、上香、献花、上供，敬酒、读祭文，跪拜，有的也请僧道做法事。如墓祭或进主，有的还出动仪仗、披红绶带、立碑纪念。祭祀结束，各户带 “烘炉火饭”回家。
平常的家祭是亲人聚会的日子，仪式简约。有一种超度先人的家祭，规仪完整的叫做功德，可丧期做，也可择日做，请僧尼或道士作法，超度一人为一“荐”，以先亡的长辈为“主荐”，超度含祭祖，至少二荐，多者数十荐。有死葬侨居地者，要“引水魂”接亡灵回归故土。最简单的超度为出殡前做“出山敬”，一般为一暝至两昼夜，也可七日为一旬，做大功德最多七旬四十九日。超度要糊纸厝、备冥镪，设神坛、唪经拜忏，自起鼓(奏鼓吹)、捧饭(敬亡灵)开始，拜忏、牵转(纸糊转动轮)，普施(普度)，跑特赦，劝愿(解愿)，至烧库银、纸厝化火结束。唱道情、掷铙钹等民间艺术表演，或穿插其中。
闽南是台湾汉族同胞的祖籍地，闽南祭祖是两岸同胞寻根溯源重要载体。