在远古的洪荒时代，如今的武汉原是云梦泽中的一块陆地。有座东西走向的大山挡住了南天来的大水，洪水四处乱跑，淹田地，毁村庄，十分凶恶。大禹接到舜帝的旨意，接替他父亲鲧来到这里治水。大禹治水时有龟、蛇二将相助，龟将驮着神土“息壤”筑堤防、造陆地、堵决口，防止泛滥；蛇将用神尾摆动画地，开辟江河，导水泄洪。大禹把东西大山拦腰斩断，江水奔腾泻去，洪水终于被制服了。
大禹为了不让洪水再度逞凶，就令龟、蛇二将一东一西镇守天上来的大江。最初，龟、蛇忠于职守，时间一长，一个东一个西，隔着滚滚的大江，可望不可及，便感寂寞难熬，想念不已，就横江叙旧。老百姓怕断流成灾，先后在黄鹄矶上建黄鹤楼，在禹功矶上建晴川阁。分别压着龟、蛇两头，不让它们横江。阁楼一建，龟蛇也只得暗暗流泪。后来，楼毁阁危，龟、蛇相约待到敲一梆半夜子时相互合拢促膝畅谈。更夫晓得后，每天到了子时不敲一梆。一天天过去，龟蛇总听不到子时敲梆，痛苦极了。
到了光绪末年，有位才貌出众的书生来到禹功矶的黄公书院用功。这书生既不读诗云子曰，也不写八股文章，对着天凝望了九天九夜，又在驮石碑的石龟旁沉思了九天九夜，决心使自己成为一枝神笔，画一条长虹架两岸，成全龟蛇相念之苦。在一个明月皎洁的夜晚，书生引笔铺纸，一个劲地画彩虹，画了一张又一张，一夜又一夜。到了第九夜，画好了一幅《长虹卧波图》，赤橙黄绿青蓝紫，七色俱全，浓淡适宜，真是美极了。
这时，在丛树浓叶中，躲着一个女子正啧啧称赞。可是书生哧喇一下，把《长虹卧波图》撕个粉碎。这位女子见此情形，闪出树林，来到窗前，说道：“公子，你的丹青画得那么美，为何撕去?”公子见窗下有个这般如花似玉的女子，不觉一惊，道：“女公子，深更半夜，临窗发话，有何见教?请到房里一叙。”这女子十分大方，飘然入内，道：“公子，女子来到禹功矶，见你画了九天九夜，孜孜不倦，精益求精，十分感动，但不知道公子为何画长虹卧波?”书生把自己的夙愿告诉了女子。女子道：“让女子画张试试！”说完，握笔挥毫，瞬间一条长虹落在龟蛇两山山头之上，江水在长虹下欢腾北去，龟蛇二将也握手言欢了。
长虹卧波之后，女子忽然不见了，老百姓齐声说道：“仙女下凡架大桥了！”