明清两代，北京药王庙最著名的有四座。
最大的系南药王庙。在崇文门外东晓市大街路北。建于明末，相传为武靖侯李诚铭出资所建。清康熙年间重修，殿宇宏伟。奉祀伏羲、神农、黄帝、孙思邈、韦慈藏。还有“三皇治世”以来的诸名医：三皇时的岐伯、雷公，秦朝的扁鹊，汉朝的淳于意、张仲景，魏之华陀，晋之王叔和、皇甫谧、葛洪，唐朝的李景和。塑像道装，儒服者不一。院内有碑，皆恭顺侯吴惟英所书。庙内有一戏台，为昔日酬神之所，台上有匾额“道济群生”四个字。旧时，每逢朔望各开放一日。香火很盛，除夕夜至大年初一彻夜不断，拜庙进香者，多不得入庙，于庙外设香池数处，焚香遥拜。历年四月二十八日为药王爷生日，在庙内戏台上演戏庆祝。
北药王庙在旧鼓楼大街迤北，系明嘉靖年间（1522－1567）建立。庙内有明末宰相洪承畴碑二。
三为后海药王庙，在地安门外什刹海西，为明天启年间（1621—1628）魏忠贤所建，沿堤傍柳，风景甚佳。每逢朔望开庙，烧香者众多；
四为小药王庙，在东直门大街路北，庙址狭小，仅一层殿，内供药王。平日不开放。每年药王生日则有不少香客前来烧香。庙内外均有小商贩，所售皆妇女日用小百货和汽水、酸梅汤等清凉饮料。