一、技术问题
技术是泥鳅养殖的基础，其一是饲喂管理，必须定时定量的投喂优质饲料或人工配合饲料，其二是水质调控，事实上不管是养泥鳅还是养其他鱼都离不开水质调控，其三是病害防治，一旦爆发病害就很难控制了，最好是先进行少量试养，等充分掌握养殖技术后再扩大规模。
二、种苗问题
种苗是泥鳅养殖的关键，好的种苗不但决定了泥鳅的成活率，还将直接影响到泥鳅的产量，有些不良商家用劣质泥鳅苗冒充优质泥鳅苗，并通过各种虚假的营销手段忽悠养殖户上当，买这种泥鳅种苗不亏损才奇了怪了，广大养殖户在采购种苗时一定要擦亮眼睛、谨防受骗。
三、管理问题
种苗是泥鳅养殖的核心，也是泥鳅养殖的难点，泥鳅对水质、水温、溶氧量等环境因子虽然有极强的适应性，但管理不到位也是徒劳，其一是定时给鱼塘增氧以保证水体的溶氧量，其二是定期给鱼塘注入新水或换水以保证水质清洁，其三是定期给鱼塘消毒以预防发生病害。
四、销路问题
销路是泥鳅养殖的重点，现状是泥鳅养殖产业发展得非常快，但配套的市场服务却没跟上，例如泥鳅专用的饲料、鱼药及种苗服务、技术服务、销售服务等都严重缺位，市场服务缺位导致整个产业链都显得非常脆弱，这对本身抗风险能力就弱的养殖户而言无异是雪上加霜。