一、科属不同
大口鲶和胡子鲶的科属不同，其中大口鲶别称河鲶、六须鲶、叉口鲶等，在生物学分类上属于鲶形目、鲶科、鲶属淡水鱼类；胡子鲶别称塘鲺、塘角鱼、胡子鱼等，在生物学分类上属于鲶形目、胡子鲶科、胡子鲶属淡水鱼类。
二、形态不同
大口鲶和胡子鲶的形态不同，其中大口鲶的口裂末端达到或超过眼中部下方，胸鳍刺前缘具2～3排颗粒状突起，尾鳍不对称且上叶比下叶长；胡子鲶的头背部有许多呈放射状排列的骨质微粒突起，体侧有黑色斑点和灰白色云状斑块。
三、体型不同
大口鲶和胡子鲶的体型不同，其中大口鲶属于大型鱼类，常见个体一般2～5千克，最大个体可达50千克以上；胡子鲶主要有本地胡子鲶和埃及胡子鲶两种，本地胡子鲶常见个体1～2斤、最大可达2千克，埃及胡子鲶最大可达10千克以上。
四、胡须不同
大口鲶和胡子鲶的胡须不同，其中大口鲶有3对6条触须并因此得名六须鲶，上颌须特别发达，可达到胸鳍基部；胡子鲶的触须发达，不管是本地胡子鲶还是埃及胡子鲶都有4对共8条触须，上下颌各2对。