一、科属不同
埃及胡子鲶和本土鲶鱼的科属不同，其中埃及胡子鲶别称革胡子鲶、埃及塘鲺等，在生物学分类上属于鲶形目、胡子鲶科、胡子鲶属淡水鱼类；本土鲶鱼别称土鲶鱼、鲶巴郎等，在生物学分类上属于鲶形目、鲶科、鲶属淡水鱼类。
二、形态不同
埃及胡子鲶和本土鲶鱼的形态不同，其中埃及胡子鲶头部比本土鲶鱼更扁平，头背部有许多呈放射状排列的骨质微粒突起，鳍条边缘呈淡红色，体侧有黑色斑点和灰白色云状斑块；本土鲶鱼特色通常呈黑褐色或灰黑色，略有暗云状斑块。
三、体型不同
埃及胡子鲶和本土鲶鱼的体型不同，其中埃及胡子鲶的个体大、生长速度快，人工饲养条件下一年可达2千克，最大个体可达10千克以上；本土鲶鱼个体小、生长速度慢，常见个体1～2斤，最大个体可达5～6斤。
四、胡须不同
埃及胡子鲶和本土鲶鱼的胡须不同，其中埃及胡子鲶的触须发达，有4对共8条触须；本土鲶鱼有2对共4条触须，上颌须可深达胸鳍末端，下颌须较短，幼鱼期有3对共6条触须，体长至60毫米时1对颏须开始消失。
五、习性不同
埃及胡子鲶和本土鲶鱼的习性不同，其中埃及胡子鲶的适应性之强在所有鱼类中都首屈一指，甚至能在下水道、化粪池等极端恶劣的环境中生存；本土鲶鱼对水质的要求比埃及胡子鲶高，在水质太差的水体中无法生存。