锦鲤与锦鲫的区别很大，包括胡须、颜色、头部、眼睛等，均是有所区别的。
1、胡须：锦鲤有胡子，而锦鲫没有。
2、颜色：锦鲤有多种颜色，锦鲫一般为浅红色。
3、头部：锦鲤头部较宽，锦鲫头部较窄。
4、眼睛：锦鲫能够看到眼睛，锦鲤可以眼睛与脸颊。
5、身形：锦鲤身体细长，比较像擀面杖；锦鲫身体短而宽，从背脊到腹部的距离比较大，有点像球拍。
6、大小：成年鱼，锦鲤要比锦鲫大很多，锦鲤可以长到1米多。锦鲫要比锦鲤小很多，锦鲫长到30公分已算“巨型”了。
7、嘴部：锦鲤的嘴朝下，嘴上有两对不一样长的胡须。锦鲫的嘴朝前，嘴上没有胡须。