维吾尔医学有着悠久的历史，如现存在柏林的回鹘文医学文献，其中有一本内容是医治各种疾病药方的通俗医书，这本书虽然残缺不全，但内容仍较广，包括有临床各种症状和病症，药物治疗、疗法，以及其他资料，涉及的临床各科有内科、外科、皮肤科、妇科、眼科、牙科、泌尿科、耳鼻喉和精神病科，内容包括各种疾病、症状共41种。
著名的古代维吾尔族医学著作有回回医学文献、回回药方三十六卷、马合尔哈肉孜米下衣、达司吐衣拉儿、医学由司比等。
维吾尔医学在发展过程中，不仅吸收了中医学的精华，同时吸收借鉴印度、波斯、巴基斯坦、古希腊等国家的医学精华，创造地发展了它的基础理论药物学和医疗技术。
维吾尔医医学理论过去长期以“土、水、火、气”为物质基础，以血津、痰津、胆津、黑胆津等“四津”体液学说解释人体与自然环境的关系，且还创立了一诊断和治疗疾病的方法。在诊断方面与中医的脉诊有相同之处，常以“查脉”、“望诊 ”、“问诊”等方法诊断疾病。分析脉象有10类35种，包括锯木式、波浪式、蜥蝎式、钉钉式、鼠行疾促式等。内科方面，常以内服药为主，一般将药制成糖浆剂、膏剂，同时运用熏药、坐药、放血、热敷、冷水疗、拔火罐、饮食医疗等11种疗法。药剂方面，有主药和附药之分。临床常用复合剂，几种药进行合成，多者用50味，少者用10味。口服药剂中有糖浆剂、水果浆剂、丸剂、粉剂、膏剂、油剂、蒸馏剂、煎剂、浸剂、片剂等多种。
维吾尔医在长期发展中，经过多人努力总结，逐渐在治疗白癜风、心脑血管疾病、精神病、骨科病、风湿病、肠胃病、肝胆病、结石等疾病方面积累了丰富的经验，治疗效果明显。尤其在治疗白癜风方面，疗效独特。从宋元时期流传至今，对白癜风的治疗是维吾尔族医学有代表性的成果之一。现在喀什、和田的维吾尔医院，就是以治疗白癜风卓有成效而享有较高声誉。“斯旦量注射液”是和田独创的一种治疗白癜风的药剂，治愈率达到80%，受到自治区有关专家的重视。
沙疗也是维吾尔医的重要组成部分，吐鲁番的维吾尔医医院以其独特的沙埋疗法而享有声誉。患者或躺或、或跪或坐，将身体的一部分埋在滚烫的沙子中，接受治疗。这种疗法，对治疗各种类型的关节炎、慢性腰腿疼、坐骨神经痛、脉管炎、慢性附件炎等有明显效果，对神经系统某些疾病及轻、中度高血压也有相当疗效。
新中国成立后，在党和政府的关怀下，维吾尔医学有了新的发展，不仅有了专门的医院和病床，而且增添了现代化的医疗设备，有了培养维吾尔医的专门学校，整理出版了一些维吾尔文版的医书。现在南疆几乎每一个地区都有维吾尔医医院。