人类自诞生之时起，就不断遭受着来自各种疾病的威胁。而在种种疾病当中，流行性急性传染病对于人类文明的影响往往比战争、灾荒更为剧烈。对这类疾病，古代称之为“疠疫”“疠疾”，后统称为“瘟疫”。早在殷墟出土的甲骨上，就已刻有“疾疫”“疾年”等文字。《周礼》中也有关于各种常见瘟疫的记述。
就江南地区来看，东晋前有关瘟疫的记载不多。这一方面是由于东晋以前江南一带地广人稀，瘟疫不易大规模流行；另一方面也与江南当时在国内的地位不高，有关记述不详有关。
然而自东晋时期起，直至新中国成立前，江南地区的疫情记录却屡屡令人触目惊心。唐代的江南道，宋代的两浙路，明代的南直隶等江南地区，都曾是国内数一数二的瘟疫高发区。即使是在对瘟疫防控颇有建树的宋代，江南地区仍难免瘟疫侵袭。如宋熙宁八年，“两浙无贫富皆病，死者十有五六”；元祐七年，“浙西饥疫大作，苏、湖、秀三州人死过半”。可见瘟疫对于江南社会的破坏力之强。
不过，作为瘟疫的高发区，江南不但没有在瘟疫的肆虐下凋敝，反而保持了长期兴盛，成为中国古代经济最繁荣，文化最灿烂的地区之一，原因何在？
瘟疫高发与地理环境有很大关联
古代江南瘟疫的高发与地理环境有很大关联。一方面，这里气候温暖潮湿，特别适合各种病菌、病毒的生存和繁殖；另一方面，江南大地江河密布，人们多以河水为生活用水，而在水乡泽国的生态环境下，很多江南人习惯将垃圾、粪便等倾入河水中，造成河水污染，导致卫生环境恶化。以水为渠道传播的疟疾、伤寒等瘟疫在江南历史上屡见不鲜。
人口的增加，城市的发展也为瘟疫在江南的大规模爆发提供了条件。瘟疫的传播需要密集而流动性较强的人群。特别是天花、霍乱、伤寒等传染病，须在人群聚集的前提下才能够传播。东晋以前，江南地区的人口密度普遍不高，见于史料的瘟疫主要发生于开发较早、人口相对密集的会稽等地。
如东汉建武十三年和十四年，在江南地区爆发的两次大瘟疫中，会稽都是疫情最为严重的地区。东晋后，特别是唐宋以后，随着地区开发，江南人口骤增，在四通八达的水运网络上出现了大量经济兴旺的城镇。猛增的人口、便捷的水运为江南经济发展注入了生机与活力，促进了江南城镇的繁荣，但同时也为疫情防控埋下了不少隐患。疫情一旦发生，就很难得到控制。
此外，兵燹、饥荒等也对江南地区疫病流行有巨大影响。如两晋及两宋更迭时，大批北方难民南下避乱。他们长期在恐惧、饥寒中辗转奔波，免疫力低下，加之不适应江南的潮湿闷热，不少人患上了瘟疫，并传染给江南居民，继而引发大范围瘟疫。水旱灾害也往往使得灾民们大量迁徙，在饥寒暑热中患上疾病，引发瘟疫。宋隆兴年间，浙江水灾造成大量灾民逃至临安及绍兴一带，引发瘟疫，继而波及整个两浙路，导致大量人口死亡。德祐元年，元军占领常州等城后，城镇居民四处逃亡，“民患疫而死者不可胜计”。
江南瘟疫防控走在时代前列
尽管江南地区开发较晚，医学水平也一度相对落后，但江南人对于瘟疫的防控却常常走在时代的前列。
做好卫生防疫是瘟疫防控中极为重要的环节。江南医者们很早就注意到个人卫生、环境卫生与瘟疫之间存在很大关联，对于卫生防疫相当重视。东晋医家葛洪认为疫病的发生是“疠气兼挟鬼毒相注”所致，因而十分重视对空气进行消毒。其《肘后方》中就有6个专门用于空气消毒的药方。钱塘人谢肇淛在其《五杂俎》也提到，江南人在端午时“饮菖蒲也，悬艾也，作艾虎也，佩符也，浴兰汤也，斗草也，采药也，书仪方也，而又以雄黄入酒饮之，并喷屋壁、床帐，婴儿涂其耳鼻，云以辟蛇、虫诸毒，兰汤不可得，则以午时取五色草沸而浴之”。可见，江南人很早就开始利用中草药来杀菌消毒，保持个人和环境的卫生，预防瘟疫发生。
积极接纳先进的医学技术也是江南人防控瘟疫的重要举措。天花曾是一种令人闻之色变的恶疾。尽管人痘接种技术在清初才传入苏南、浙西等地，但无论是人痘，还是其后的牛痘，都迅速得到了江南人的普遍认可。到光绪二十年时，江南大多数县都已设有牛痘局。
隔离病患，杜绝尸体露天腐烂是江南人防控瘟疫的又一有力举措。据湖北云梦出土的睡虎地秦简记载，早在秦代，我国就已经有对传染病人采取隔离的制度了。尽管这一制度并非江南首创，但在江南得到了很好的传承。据《晋书》记载，东晋永和末年，瘟疫流行。当时规定如果大臣家里有人染上瘟疫，即使大臣未被传染，百日之内也不得入宫，以免其身上可能携带的病毒传染他人。《元丰类稿》中也有熙宁九年春，越州发生瘟疫，时任越州知州的衢州人赵汴创设病坊，将病患集中隔离收治的记载。至于苏轼于元祐四年在杭州设立的疫病收治机构“安乐坊”，更是为后人所熟知。妥善处理病患尸体是阻断瘟疫流行的重要措施。江南地区在这方面做得尤为出色。史载南朝元嘉四年，建康发生瘟疫，政府部门即出资购买棺椁收殓无人安葬者，以免疫情进一步扩散。宋代的江南还普遍实施漏泽园制度，掩埋无主尸体，从而大大降低了瘟疫蔓延的可能性。
来自民间的力量
由官府、民间力量开展的诊疗活动对于遏止瘟疫流行也起到了重要作用。历史上，南宋政权对江南的疫病防治最为重视。每逢瘟疫流行，各地官员均广施医药，以期尽快消灭疫情。明清两朝在疫情防控方面则颇多缺漏。这其中有政府财政方面的因素，也有统治者更愿意让地方政府和民间力量灵活处理疫情的因素。由于江南地区经济发达且注重教化，以乡贤为主导的地方绅富团体和民间慈善机构有足够的经济能力和意愿去聘请医者诊疗病患。在历史资料保存较多的苏州、杭州、南京、上海等地，几乎每次重要疫情的记载中都有乡贤或民间慈善机构积极开展诊疗救助的信息。
如乾隆二十年，无锡大疫。乡贤张鹏翔倾其所有，收治数百贫困病患。道光四年，苏州大疫。郡中韩、黄、许等姓绅士与官府合作开设医药局，为贫困病患进行免费诊疗。尽管民间机构与官府之间往往存在着某些利益冲突，然而在瘟疫面前，双方的根本利益是一致的，因此官民合作非常融洽。同时，江南文化教育的繁荣也使得江南地区名医辈出，对瘟疫的研究和诊治往往处于国内甚至世界领先水平。
如明末吴县人吴又可在细致探究了瘟疫的形成及传播机制后，写出了我国第一部传染病学专著《瘟疫论》。该著提出了人体因抗病能力不良，感染疠气而发病等观点，主张以物遮掩口鼻以防止传染，用隔离病人，焚烧尸体及病人用品等方法阻止疫情扩散。这些观点的正确性已被现代医学及微生物学所证实。直至今天，我国中医应用其理论及方药治疗一些传染病仍十分有效，可见其在当时的瘟疫防控中所起的作用。
从医学的角度看，江南发展史几乎可以说是饱尝各种瘟疫灾难的历史。历史上的几次大瘟疫都曾将江南变得惨不忍睹。如明末的江南瘟疫造成了“一巷百余家，无一家仅免；一门数十口，无一口仅存”的惨状。在康熙、乾隆、光绪三朝，江南地区的瘟疫次数占了整个清王朝瘟疫总数的57%！
然而每次大疫来临，江南人总能较为迅速地战胜瘟疫，砥砺前行。正是凭借着不屈的精神与智慧的头脑，江南人得以在瘟疫的屡次侵袭后再创辉煌，最终将司马迁笔下“地卑湿，人早夭”的瘟瘴之地改造成了天下称羡的人间天堂。