大昭寺主殿供奉的佛释迦牟尼像，是唐文成公主（约公元642年）从长安带进西藏的。由于这尊佛像是释迦牟尼十二岁时的等身像，因而在藏传佛教信徒心目中有着至高无上的地位。
公元六世纪末的时候，当时称雄雪域高原的第三十三代吐蕃王松赞干布，将吐蕃王都从雅砻河畔的乃东北迁至宽阔的拉萨河谷。翻开历史，我们不难发现，无论东方或是西方，和亲是古时候许多王朝为求和平安定而常采用的一种形式。英格兰、法兰西和西班牙王室之间的联姻，西汉王昭君远嫁匈奴……。七世纪时，精明强干的松赞干布统一了雪域高原的各个部落后，先是与尼婆罗，也就是和现在的尼泊尔联姻，
尼婆罗国的赤尊公主为妻，以求吐蕃南方的稳定；尔后，松赞干布又派人远赴长安，迎娶唐太宗的宗室女文成公主。
尼婆罗公主给吐蕃带去了天竺和尼婆罗的佛教文化，文成公主给吐蕃带去是唐朝先进的农耕、纺织技术。直到现在，在西藏还可看到汉地文化已深深渗入藏民族社会生活之中。象藏医的望、闻、问、切；遍布西藏农区的水磨房；民居墙体的水样花纹；寺庙的金顶和斗拱。唐代女性服饰后腰垫的特点有两个地方还保留着，一个是藏族妇女，尤其是农区藏族妇女，后腰垫还非常普及。还有一个就是日本女子的和服，不过，后腰垫已成为一种装饰。
传说释迦牟尼在菩提树下即将圆寂时，他的弟子们恳求佛祖留下真实的形象，以便世世代代指点众生迷津。佛祖点头同意了。弟子们于是塑造了佛祖八岁、十二岁和三十岁不同时期的三尊等身像。其中八岁、十二岁的等身像是请释迦牟尼的奶妈描述了佛祖年少时期的模样后塑造的。释迦牟尼亲自对三尊佛像做了加持以后，就在菩提树下圆寂了。尼婆罗赤尊公主进藏时，尼婆罗国王送给吐蕃赞普的陪嫁礼品是八岁佛等身像；唐朝文成公主贞观年间带到吐蕃的则是十二岁佛等身像。现在大昭寺主殿前门廊两侧的四尊力士神像，据说就是当年文成公主进藏时推车的唐朝大力士。
当初，文成公主一行刚进入拉萨河谷时，载着十二岁等身佛像的木轮车在一片沙地陷了车。四个大力士费了老大的劲不能移动车半步。文成公主说，看来佛祖愿意被供奉在这里了。于是就让人们用布幔将佛像围了起来。再后来，松赞干布遂了文成公主的心愿，专门修建了供奉十二岁等身佛像的小昭寺，并将寺门面东向着长安的方向。现在，小昭寺门前早已是花岗石铺就的街道，拐个弯，就到了熙熙攘攘的八廓街。松赞干布为文成公主修建了小昭寺后，又想为赤尊公主建大昭寺，以供奉八岁等身佛像。
文成公主用汉地的办法打卦占卜，对松赞干布说，雪域高原是罗刹女魔的形状，拉萨谷地中间的湖泊正是罗刹女魔的心脏。只有在此建寺才能镇压女魔，让吐蕃兴盛。西藏有关拉萨历史的书籍中介绍道，松赞干布听取了文成公主的建议，让白山羊驮土，用井字形木架架在湖面，填一层土，架一层木架，直至把湖填平。在大昭寺大殿的西墙，人们可以清晰地观赏到一幅当年松赞干布率众修建大昭寺的壁画。
现在在大昭寺主殿的南墙角，还可看到一个半人高的青石瓮，据寺里喇嘛讲，石瓮是当年修大昭寺时留下的，石上的小孔，直通湖面。俯首石瓮，贴耳小孔，可以听到湖里野鸭的叫声。如修行有道，还可以听到罗刹女魔的呻呤声。
松赞干布去世后，吐蕃发生战乱，大昭寺被洗掠一空，尼婆罗赤尊公主带进藏的十二岁等身佛像在战乱中毁于一旦。一些高僧和虔诚的贵族，偷偷将小昭寺十二岁等身佛像藏到了大昭寺的一个小殿内。采取的藏匿办法和后来莫高窟僧人藏匿魏晋唐史籍、卷子、画册一样，用土石将小殿的门封死，再用泥抹平，画上壁画。直到第三十六代吐蕃王赤德祖丹时，唐中宗将金城公主远嫁吐蕃王。吐蕃再次掀起佛教文化热。金城公主查询到十二岁等身佛像的下落后，将佛像从密藏的墙内起出，供奉在了大昭寺。
经佛祖释迦牟尼亲自加持过的三尊佛像，八岁佛丧失于战乱，三十岁佛在天竺战乱中，被一些信徒暗送到大帆船上，准备飘洋过海运往他乡供奉。半途遇着风暴，船被巨浪掀翻，三十岁等身佛从此沉没于南印度洋。现仅存于世的就是文成公主带进藏的这尊十二岁等身佛像了。其神圣和珍贵可想而知。
大昭寺最大规模的维修扩建，是在十五世纪初由黄教的创始人宗喀巴主持完成的。这次扩建，使大昭寺具备了现在5个金顶、108个佛殿、占地约25000多平米的壮观规模。竣工后，宗喀巴给释迦牟尼八岁佛像敬献了纯金的五佛冠，并于当年藏历正月十五，在大昭寺举行了格鲁派（黄教）第一次传昭大法会。
现在，来西藏的国内外游人，最主要的一个去处就是游览大昭寺。在拉萨有个说法是，到了拉萨不去大昭寺，就等于没到过西藏。而西藏各地，以及青海、四川、云南、甘肃的藏传佛教信徒，到西藏朝佛最大的心愿就是叩拜大昭寺的"觉仁波齐"--释迦牟尼。在西藏，无论是在高山峡谷，还是在坦荡的大草原，都可以看到虔诚的叩长头者。这些用身体丈量大地的信徒们，最终手指尖触摸的终点就是大昭寺门前的青石地板。当他们风尘仆仆的叩在释迦牟尼像前的时候，什么苦对他们来说都是值得的。
在伊斯兰世界，划一个圆的话，圆心就是麦加，最中心的圣殿是麦克白殿。在藏传佛教世界，圆心就是大昭寺。拉萨有三条转经路，第一条是围绕大昭寺主殿释迦牟尼佛的廊道，藏语称为"朗廓"。这条寺内的转经道有一圈铜质的转经筒。走在"廊廓"，朝佛者边走边念经，用手拨动经筒，一片哗啦啦声音。第二条转经道围绕整个大昭寺，叫"八廓"。七世纪时，大昭寺初建成，围绕寺庙先是有了一些朝佛者的帐篷，后来，慢慢多了一些经商的人，盖起了房屋，再后来，就逐渐形成了拉萨著名的八廓街。第三条转经道叫"林廓"。这条转经道围绕整座拉萨城。早晨起来，就可以看到络绎不绝的转经者，当然其中以老者为多。以大昭寺为圆心，如果再看出去，呈放射状的是覆盖整个雪域高原漫漫的朝佛路。
佛教里有"加持、开光"一说。"加持、开光"，就是在高僧大德的主持下，把佛教场所的普通建筑或雕像赋以佛的真义。也就是通过诵经等仪式，使凡间的泥胎、铜塑、木质附着上神界佛的灵性。大昭寺供奉的十二岁等身佛像，是释迦牟尼佛祖在世时所塑，并且由佛祖亲自开光。那么，瞻仰大昭寺的十二岁等身佛像，就如同亲睹释迦牟尼佛祖真身。
在藏传佛教中最神圣的大昭寺释迦牟尼佛像前，请高僧从大皇帝赐予的金瓶中，掣签认定十世班禅转世灵童的真身，还意味着神圣庄严的金瓶掣签的结果，是在释迦牟尼佛"神断"下得出的。一个聪慧的普通人成为一个神，成为一个现身尘世的神，这同样具有"加持、开光"的意义。由此而想到前两年中央人民政府批准的第十七世噶玛巴活佛伍金赤列，以及以往的达赖、班禅，大多在大昭寺释迦牟尼像前剃度，受沙弥戒、比丘戒，就不难理解大昭寺释迦牟尼佛"神断"的重要了。