一、来源不同
锦鲤和鲤鱼的来源不同，其中鲤鱼是鲤科鲤属淡水鱼类的统称，常见的有华南鲤、黄河鲤、兴国红鲤、荷包红鲤、镜鲤等；锦鲤是鲤鱼改良成的观赏鱼的统称，所有锦鲤的祖先都是鲤鱼，人们在兴国红鲤、荷包红鲤等鲤鱼的基础上选育和杂交出了上百种形态各异的锦鲤。
二、颜色不同
锦鲤和鲤鱼的颜色不同，其中鲫鱼的体色因鱼种、生长环境等不同而不同，例如华南鲤的尾鳍下叶和偶鳍均呈红色，荷包红鲤的体色呈鲜红色；锦鲤的颜色比鲤鱼要丰富得多，常见的有白色、黄色、橙色、红色、黑色、蓝色等一种或数种颜色，例如红白锦鲤的主要颜色就是白色和红色。
三、图案不同
锦鲤和鲤鱼的图案不同，其中鲤鱼的图案往往比较单一，例如黄河鲤体的侧鳞片呈金黄色，背部稍暗，腹部较白，臀鳍、尾柄、尾鳍下叶呈橙红色，胸鳍、腹鳍桔黄色；锦鲤的图案比鲤鱼要丰富得多且变化无穷，其中尤以头顶呈圆形小斑点和背部呈阶梯石状的图案最珍贵。
四、用途不同
锦鲤和鲤鱼的用途不同，其中鲤鱼是我国最重要的淡水食用鱼类之一，几乎所有中大型超市和农贸市场都有销售；锦鲤是由鲤鱼选育和杂交形成的观赏鱼类，起源于中国，兴起于日本，目前已培育出一百多种锦鲤，例如红白锦鲤、大正三色锦鲤、昭和三色锦鲤、别光锦鲤、黄金锦鲤等。
综上所述，锦鲤和鲤鱼既有相似又有不同，其中相似之处在于锦鲤是鲤鱼选育和杂交形成的，不同之处在于鲤鱼的形态单一且主要作食用鱼，而锦鲤则是风靡世界各地的高档观赏鱼类。