一、来源不同
鲫鱼和金鱼的来源不同，其中鲫鱼是鲤科鲫属淡水鱼类的统称，常见的有土鲫、高背鲫、白鲫等；金鱼是鲫鱼改良成的观赏鱼类的统称，所有金鱼的祖先都是普通鲫鱼自然变异而成的红鲫鱼(亦称金鲫鱼、锦鲫鱼等)，人们在红鲫鱼的基础上培育出了数百种形态各异的金鱼。
二、颜色不同
鲫鱼和金鱼的颜色不同，其中鲫鱼的体色因鱼种、生长环境等不同而不同，例如土鲫的体色以灰色为主，白鲫的体色以浅白色为主，黑鲫的体色呈黑褐色；金鱼的颜色比鲫鱼丰富得多，常见的有黑色、红色、蓝色、白色、黄色、紫色等一种或多种颜色相间的金鱼。
三、体形不同
鲫鱼和金鱼的体形不同，其中鲫鱼的体型因鱼种不同而不同，例如土鲫的体型呈纺锤体，白鲫的背部隆起似驼背，高背鲫因背脊高高耸起得名，淇河鲫因脊背宽厚亦称双背鲫；金鱼的体型多呈短身型且两侧较圆凸，体长和头长的比例约2.4:1(鲫鱼的比例是3.5:1)。
四、形态不同
鲫鱼和金鱼的形态不同，其中鲫鱼的尾鳍不分叉，背鳍、腹鳍、胸鳍、臀鳍等均正常；金鱼的背鳍有正常背鳍和无背鳍两种，臀鳍有单臀、双臀、三臀、残臀、无臀等，尾鳍有单尾、双尾、三尾、垂尾、蝶尾等，头型有虎头、狮头、鹅头、高头、帽子、蛤蟆头等。
五、用途不同
鲫鱼和金鱼的用途不同，其中鲫鱼是我国最重要的食用鱼类之一，尤以2～4月份和8～12月份的鲫鱼最肥美；金鱼是由鲫鱼变异和改良成的观赏鱼类，最早有文献记载是战国时代，特别适合在公园或天然水域中大面积饲养作观赏用，也适合在缸池内或水族箱内饲养。